Browsing tag: microbiome

MIKROBIOM PRZEWODU POKARMOWEGO CZŁOWIEKA – WYBRANE DANE

THE HUMAN GASTROINTESTINAL TRACT MICROBIOME – SELECTED DATA
Beata Tokarz-Deptuła, Paulina Dudziak, Natalia Gurgacz, Wiesław Deptuła

PDF

Streszczenie: W pracy przedstawiono nowe dane wskazujące na skład mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka, składający się z bakterii, archeonów, wirusów (w tym bakteriofagów), a także organizmów eukariotycznych i heterotroficznych jakimi są grzyby – których bytowanie w przewodzie pokarmowym określane jest mianem mykobiomu. Przewód pokarmowy człowieka podzielony na jamę ustną, gardło, przełyk, żołądek, jelito cienkie i grube, zasiedlany wyżej wymienionymi drobnoustrojami, tworzy swoisty jakościowo-ilościowy, bogaty i zróżnicowany swoisty ekosystem. Dzięki stosowaniu metod bioinformatycznych, molekularnych oraz dzięki sekwencjonowaniu metagenomowemu jest on nadal poznawany, a dzięki tym metodom możliwe jest jego lepsze poznanie. W niniejszej pracy scharakteryzowano grupy systematyczne bakterii, archeonów, wirusów i grzybów występujące w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego i wskazano także na enterotypy jelita grubego. Analizując wymienione grupy mikroorganizmów w poszczególnych odcinkach przewodu pokarmowego człowieka, należy zauważyć, że odcinek jelita grubego i jamy ustnej jest „wyposażony” w najbardziej bogaty mikrobiom, natomiast gardło i przełyk posiada najmniejszą liczbę drobnoustrojów wchodzących w skład mikrobiomu. Wśród całości mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka najliczniejszą grupę stanowią bakterie usytuowane w jamie ustnej i jelicie cienkim, zaś najbardziej ograniczoną grupę bakterii rejestruje się w gardle i przełyku. Archeony natomiast zostały opisane najliczniej w jelicie grubym i jamie ustnej, a nie zostały stwierdzone w gardle i jelicie cienkim. Wymieniane w odcinkach przewodu pokarmowego wirusy, najliczniej występowały w jelicie grubym i jamie ustnej, natomiast nie stwierdzono ich w żołądku. Występujące w mikrobiomie grzyby, najobficiej stwierdzane były w jelicie grubym i żołądku, a w najmniejszej ilości w gardle i jelicie cienkim.

1. Wstęp. 2. Elementy składowe mikrobiomu przewodu pokarmowego człowieka. 3. Mikroorganizmy przewodu pokarmowego człowieka. 3.1. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w jamie ustnej. 3.2. Bakterie, wirusy i grzyby występujące w gardle. 3.3. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w przełyku. 3.4. Bakterie, archeony i grzyby występujące w żołądku. 3.5. Bakterie, wirusy i grzyby występujące w jelicie cienkim. 3.6. Bakterie, archeony, wirusy i grzyby występujące w jelicie grubym. 4. Podsumowanie

Abstract: The paper presents new data indicating the composition of the human gastrointestinal microbiome, consisting of bacteria, archaea, viruses (including bacteriophages), as well as eukaryotic and heterotrophic organisms such as fungi – the existence of which in the gastrointestinal tract is referred to as the mycobiome. The human digestive tract, divided into the oral cavity, pharynx, esophagus, stomach, and small and large intestine, inhabited by the microorganisms mentioned above, forms a specific qualitative and quantitative, rich and diverse specific ecosystem. Thanks to the use of bioinformatic and molecular methods, including metagenomic sequencing, it is still being discovered. In this review, systematic groups of bacteria, archaea, viruses, and fungi occurring in individual sections of the gastrointestinal tract are presented, and enterotypes of the large intestine are indicated. Considering the amounts of the above-mentioned groups of microorganisms in individual sections of the gastrointestinal tract of the human, the environment of the large intestine and oral cavity are the richest parts of the microbiome, while the throat and esophagus are the poorest. Among the microbiome of the digestive tract of the human, the most numerous group are bacteria located in the mouth and small intestine, while the the most limited group of bacteria is registered in the pharynx and esophagus. Archaea, on the other hand, have been described most frequently in the large intestine and stomach, and were not found in the throat and small intestine. Most viruses in the gastrointestinal tract were found in the large intestine and the oral cavity, while they were absent in the stomach. The fungi found in the microbiome were most abundant in the large intestine and stomach, and the smallest amount in the throat and small intestine.

1. Introduction. 2. Components of the human gastrointestinal tract microbiome. 3. Microorganisms of the human gastrointestinal tract. 3.1. Bacteria, archaea, viruses and fungi occurring in the oral cavity. 3.2. Bacteria, viruses and fungi found in the throat. 3.3. Bacteria, archaea, viruses and fungi found in the esophagus. 3.4. Bacteria, archaea and fungi present in the stomach. 3.5. Bacteria, viruses and fungi found in the small intestine. 3.6. Bacteria, archaea, viruses and fungi found in the large intestine. 4. Conclusions

MICROBIOME OF THE WOMEN’S GENITAL SYSTEM

MIKROBIOM UKŁADU PŁCIOWEGO KOBIET
Monika Pytka, Monika Kordowska-Wiater, Piotr Jarocki

PDF

Abstract: The genital system of women has been colonized by various species of microorganisms since the beginning of life. In the postnatal period, the method of birth is important; when a child is born naturally, passing the female genital tract, it acquires bacteria present in the mother’s vagina, and when through the cesarean section, the child’s organism is first colonized by the mother’s skin microbiota and hospital strains. In female newborns during the first days after the natural birth, the presence of Lactobacillus rods, which acidify the vagina, is readily observed. Later, however, they disappear and during the childhood period, the pH of the vagina becomes alkaline. Only in the period of puberty and full puberty, as a result of the increase in the level of estrogen in the female body, the amount of Lactobacillus strains increases and this continues up to the menopause period, when pathogenic strains begin to dominate. The female vagina is home to not only numerous bacteria, but also fungi, including mainly Candida yeast and filamentous fungi at a lower extent. Dysbiosis of the vagina may be caused by the predominance of pathogenic bacteria over Lactobacillus, resulting in bacterial vaginosis or excess of Candida yeast, resulting in candidiasis. An effective method leading to the homeostasis of the female sexual system is the use of vaginal probiotics, which should consist of strains characteristic to a given female population.

1. Introduction. 2. Microbiome of the baby in the prenatal and postnatal period. 3. Lactobacillus genus as the dominant microbiota of the female genital system. 4. Mycobiome of the female vagina. 5. Vaginal probiotics. 6. Summary

Streszczenie: Układ płciowy kobiet już od początku życia jest kolonizowany przez różnorodne gatunki drobnoustrojów. W okresie postnatalnym istotne znaczenie ma sposób narodzin dziecka; jeśli narodziło się w sposób naturalny to przechodząc przez drogi rodne matki nabyło bakterie bytujące w jej pochwie, a jeśli w wyniku cesarskiego cięcia, jego organizm został na początku zasiedlony przez mikrobiotę skóry matki oraz szczepy szpitalne. U noworodków płci żeńskiej, przez pierwsze dni po porodzie naturalnym obserwuje się obecność pałeczek mlekowych Lactobacillus, które zakwaszają pochwę. Później jednak zanikają i w okresie dziecięcym pH staje się zasadowe. Dopiero w okresie dojrzewania i pełnej dojrzałości płciowej, w wyniku zwiększenia poziomu estrogenów w kobiecym organizmie, następuje wzrost liczby szczepów Lactobacillus i trwa to aż do okresu menopauzy, kiedy zaczynają dominować szczepy patogenne. Kobieca pochwa jest miejscem bytowania nie tylko licznych bakterii, ale również grzybów, w tym głównie drożdży z rodzaju Candida, oraz mniej licznych grzybów strzępkowych. Dysbioza pochwy może być spowodowana przewagą bakterii patogennych nad pałeczkami Lactobacillus, co skutkuje waginozami bakteryjnymi lub nadmiarem drożdży Candida, w efekcie czego pojawiają się kandydozy. Skuteczną metodą prowadzącą do homeostazy układu płciowego kobiet jest stosowanie probiotyków dopochwowych, które powinny składać się ze szczepów charakterystycznych dla danej populacji kobiet.

1. Wprowadzenie. 2. Mikrobiom dziecka w okresie prenatalnym i postnatalnym. 3. Rodzaj Lactobacillus jako dominująca mikrobiota w układzie płciowym kobiet. 4. Mykobiom kobiecej pochwy. 5. Probiotyki dopochwowe. 6. Podsumowanie

THE RHIZOSPHERE MICROBIOME AND ITS BENEFICIAL EFFECTS ON PLANTS – CURRENT KNOWLEDGE AND PERSPECTIVES

MIKROBIOM RYZOSFERY I JEGO KORZYSTNY WPŁYW NA ROŚLINY – AKTUALNA WIEDZA I PERSPEKTYWY
Małgorzata Woźniak, Anna Gałązka

DOWNLOAD PDF FILE

Abstract: The root system of a plant works like a factory that produces a huge amount of chemicals to communicate effectively with the microorganisms around it. At the same time, micro-organisms can use these compounds as an energy source. The variety of microorganisms associated with plant roots is enormous, amounting to tens of thousands of species. This complex microbial community, also called the second plant genome, is essential for plant health and productivity. Over the last few years, there has been significant progress in research into the structure and dynamics of the microbial sphere of the rhizosphere. It has been proven that plants shape the composition of microorganisms by synthesizing root secretions. On the other hand, microorganisms play a key role in the functioning of plants through their positive impact on their growth and development. In general, rhizosphere microorganisms promote plant growth directly by providing plants with minerals such as nitrogen and phosphorus and by synthesizing growth regulators, and indirectly, however, by inhibiting the development of various plant pathogens.

1.Introduction. 2. Functions of rhizosphere microorganisms. 3. Microorganisms increasing the availability of minerals. 4. Microorganisms synthesizing plant growth regulators. 5. Biological plant protection. 6. Summary

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2022, Tom 61, Zeszyt 4

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.