Browsing tag: techniki molekularne

ZASTOSOWANIE SEKWENCJONOWANIA PEŁNOGENOMOWEGO DO GENOTYPOWANIA BAKTERII

Implementation of whole genome sequencing for bacteria genotyping
Daria Artyszuk, Tomasz Wołkowicz

DOWNLOAD PDF FILE

1. Wprowadzenie. 1.1. Metody typowania. 2. Fenotypowe metody typowania. 3. Genetyczne metody typowania. 3.1. REA-PFGE. 3.2. MLVA. 3.3. MLST. 4.  Techniki sekwencjonowania I generacji. 4.1. Metoda Sangera. 4.2. Metoda Maxama-Gilberta. 5. Sekwencjonowanie pełnogenomowe. 5.1. Sekwencjonowanie II generacji. 5.2. Sekwencjonowanie III generacji. 6. Typowanie molekularne z zastosowaniem sekwencjonowania pełnogenomowego. 6.1. K-mer. 6.2. SNP. 6.3. wgMLST 7.  Trudności analiz. 7.1. Proces przetwarzania danych. 7.2. Przechowywanie i udostępnianie danych. 7.3. Nomenklatura. 8. Potencjalne kierunki rozwoju. WGS 9. Podsumowanie

Streszczenie: Typowanie molekularne służy do identyfikacji charakterystycznych celów genetycznych oraz określania podobieństwa genetycznego. W celu ustalenia podobieństwa bakterii, stosowane są zarówno klasyczne metody fenotypowe, jak i nowocześniejsze metody oparte na biologii molekularnej. Rozwój genetyki, a szczególnie wynalezienie nowszych technik, jakimi są metody oparte na technikach biologii molekularnej zrewolucjonizowało badania biologiczne, w tym badania mikroorganizmów. Po roku 1970, rozwój metod opartych na analizie sekwencji kwasu nukleinowego zapoczątkował erę mikrobiologii molekularnej, udostępniając tym samym nowoczesne narzędzia do identyfikacji źródeł zakażenia. Sekwencjonowanie pełnego genomu i inne techniki typowania o dużej przepustowości stają się coraz bardziej popularne, a dzięki wysokiej rozdzielczości, są idealnym narzędziem do analiz porównawczych bakterii. W poniższej pracy omówione zostały techniki najczęściej stosowane w typowaniu bakterii oraz te, które są dopiero w fazie tworzenia, a w przyszłości mogą stanowić główne narzędzie w typowaniu molekularnym bakterii.

Abstract: The molecular typing methods are used to identify specific genetic targets and relationships between microbial isolates. In order to understand clonal relatedness between the microbial strains, classic phenotypic methods are used in line with modern molecular biology techniques. The development of genetics, especially new techniques like molecular typing, have revolutionized microbial research. After 1970, the development techniques, especially those referring to DNA sequencing, established molecular microbiology, thus providing modern tools for the identification of sources and routes of infection. Whole genome sequencing and other high-throughput typing methods are becoming increasingly popular and, thanks to their high resolution, they are ideal tools for comparative analysis of bacteria. This study reviews the methods most commonly used in the molecular typing of bacteria, including those which are in the development stage and may be the main tool in microbial typing in the future.

1. Introduction. 1.1. Typing methods. 2. Phenotypic typing methods. 3. Genetic typing methods. 3.1. REA-PFGE. 3.2. MLVA. 3.3. MLST. 4.  1st generation sequencing technology. 4.1. Sanger sequencing. 4.2. Maxam-Gilbert sequencing. 5.  Whole genome sequencing. 5.1. 2nd generation sequencing. 5.2. 3rd generation sequencing. 6. Molecular typing using whole genome sequencing. 6.1. K-mer. 6.2. SNP. 6.3. wgMLST. 7. Analysis difficulties. 7.1. Data processing. 7.2. Data storage and sharing. 7.3. Nomenclature. 8. Potential directions of development. 9. Summary

Wybrane metody molekularne wykorzystywane w ocenie bioróżnorodności mikroorganizmów glebowych

Selected molecular methods used in assessing the biodiversity of soil organisms
M. Łyszcz, A. Gałązka

1. Wstęp. 2. Metody klasyczne stosowane do identyfikacji bakterii. 3. Metody molekularne stosowane do identyfikacji mikroorganizmów glebowych. 4. Analiza zawartości zasad G+C w DNA. 5. Hybrydyzacja kwasów nukleinowych. 6. Analiza sekwencji kwasów nukleinowych. 7. Podsumowanie

Abstract: Biodiversity and the identification of new important features of microorganisms is crucial for the development of biotechnology. The current knowledge about microbs in natural environments is limited, thus the analysis of the microbial diversity in nature is not an easy task. So far, only a small percentage of prokaryotic microorganisms has been identified. It is believed that the soil environment is one of the richest reservoirs of microorganisms, as approximately 2 000 to 18 000 prokaryotic genomes can be isolated from one gram of soil. In this publication the selected methods used to identify microorganisms are presented. The first molecular marker used in the genetic identification of soil microorganisms was the analysis of the G+C base content, sincemicroorganisms exhibit differences in the (G+C)/(A+T) relative factor. Another method used to identify bacteria is the nucleic acid hybridization. This technique involves a determination of the degree of similarity of DNA-DNA between two organisms. One of the most frequently used hybridization technique is FISH – fluorescent in situ hybridization. The most precise method for analyzing the nucleic acids is sequencing, i.e. determining the order of nucleotides which form the genetic information of the microorganism studied. Very often in molecular studies the 16S rDNA molecule is subjected to sequencing.

1. Introduction. 2. Classical methods used to identify bacteria. 3. Molecular methods used in the identification of soil microorganisms. 4. Analysis of the G+C DNA content. 5. Nucleic acid hybridization. 6. Analysis of nucleic acid sequences. 7. Summary

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2020, 59, 2

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2020, 59, 2

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2020, 59, 2

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.