Browsing tag: PCR

PRZYDATNOŚĆ DIAGNOSTYCZNA REAKCJI PCR W ROZPOZNAWANIU BORELIOZY

DIAGNOSTIC USEFULNESS OF PCR IN THE RECOGNITION OF LYME DISEASE
Weronika Grąźlewska, Bartłomiej Ferra, Lucyna Holec-Gąsior

PDF

Streszczenie: Borelioza jest wieloukładową chorobą wywoływaną przez bakterie zaliczane do kompleksu Borrelia burgdorferi sensu lato. Wektorem przenoszącym infekcję są kleszcze z rodzaju Ixodes, które zakażają kolejnych żywicieli krętka podczas spożywania ich krwi. Zróżnicowany przebieg boreliozy uniemożliwia jej rozpoznanie na podstawie objawów klinicznych. W związku z tym diagnostyka choroby z Lyme opiera się głównie na metodach laboratoryjnych, zarówno bezpośrednich (wykrycie obecności DNA lub białek czynnika zakaźnego w materiale biologicznym pobranym od pacjenta) jak i pośrednich (badania serologiczne). Powszechnie rekomendowanym
podejściem jest serodiagnostyka, jednakże z powodu czasu wymaganego do wytworzenia przez organizm swoistych przeciwciał nie jest ona przydatna w początkowym okresie infekcji. Metody mikrobiologiczne, będące złotym standardem w wykrywaniu wielu infekcji bakteryjnych, nie są szeroko wykorzystywane w rozpoznaniu boreliozy ze względu na wysokie wymagania wzrostowe
B. burgdorferi s.l. oraz długi czas oczekiwania na wynik. Potencjalnym rozwiązaniem tego problemu wydaje się być diagnostyka molekularna polegająca na wykrywaniu DNA krętka za pomocą reakcji PCR, która jest wysoko specyficzna oraz czuła. Jednakże efektywność tego podejścia zależy
od wielu czynników dlatego konieczne jest opracowanie wystandaryzowanego algorytmu diagnostycznego zapewniającego powtarzalność wyników we wszystkich laboratoriach.
1. Wprowadzenie. 2. Genom
B. burgdorferi s.l. 3. Diagnostyka boreliozy. 4. Rodzaje reakcji PCR wykorzystywane w diagnostyce boreliozy. 5. Geny wykorzystywane w detekcji DNA B. burgdorferi s.l. 6. Identyfikacja genogatunków B. burgdorferi s.l. 7. Materiał kliniczny. 8. Czynniki wpływające na wydajność reakcji PCR. 9. Zalecenia dotyczące zastosowania diagnostyki PCR. 10. Podsumowanie

Abstract: Lyme disease is a multisystem disease caused by bacteria belonging to the group Borrelia burgdorferi sensu lato. The vector that carries the infection is a tick of the genus Ixodes, that infects subsequent hosts of the spirochete during blood-meal. The varied course of Lyme disease makes it impossible to recognize it on the basis of clinical symptoms. Therefore, the diagnosis of Lyme disease is based mainly on laboratory methods, both direct (detection of the presence of DNA or infectious agent proteins in the biological material collected from the patient) and indirect (mainly serological tests). A commonly recommended approach is serodiagnosis, however, due to the time required for the body to produce specific antibodies, it is not useful in the earliest period of infection. Microbiological diagnostics also can not be used to diagnose Lyme disease in the first weeks of the disease due to its low sensitivity and long waiting time for the result. The solution seems to be molecular diagnostics based on the detection of the spirochete DNA using PCR reaction that is highly specific and sensitive. However, the effectiveness of this approach depends on many factors, therefore it is necessary to develop a standardized protocol ensuring reproducibility of results in all laboratories.
1. Introduction. 2. Genome of
B. burgdorferi s.l. 3. Diagnosis of Lyme borreliosis. 4. Types of PCR reactions used in the diagnosis of Lyme disease. 5. Target genes used to DNA detection of B. burgdorferi s.l. 6. Identification of B. burgdorferi s.l. genotypes. 7. Clinical material. 8. The factors affecting the efficiency of PCR. 9. Recommendations for the use of PCR diagnostics. 10. Summary

NOWOCZESNE TECHNIKI MIKROSKOPOWE I BIOLOGII MOLEKULARNEJ W OCENIE GRANULOWANEJ BIOMASY

New microscopic and molecular biology techniques in the evaluation of granular biomass
B. Kończak, J. Karcz, K. Miksch
1. Wprowadzenie. 2. Polimery zewnątrzkomórkowe. 2.1. Charakterystyka EPS z wykorzystaniem nowoczesnych technik mikroskopowych. 2.2. Analiza składu białek zewnątrzkomórkowych z wykorzystaniem technik i SDS-PAGE. 3. Charakterystyka granul. 3.1. Charakterystyka kanałów i porów z wykorzystaniem techniki CLSM. 3.2. Dystrybucja mikropopulacji w granuli z   wykorzystaniem mikroskopii fluorescencyjnej. 3.3. Dystrybucja mikro-populacji w granuli z wykorzystaniem techniki PCR-DGGE. 4. Podsumowanie
Abstract: The aerobic granular activated sludge process is a promising technology for compact wastewater treatment plants. This system is superior to conventional activated sludge processes in terms of high biomass retention, high conversion capacity, less biomass production, excellent settleabilty and resistance to inhibitory and toxic compounds. The majority of research on granular sludge has focused on optimization of engineering aspects related to reactor operation with little emphasis on fundamental microbiology. The combination of physico-chemical characteristics of granular sludge and the new microbiological methods may provide conceptual information benefiting start-up procedures for full-scale granular-sludge reactors. This article presents a short review of microbiological fingerprinting techniques such as denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE), SDS-PAGE or fluorescence in situ hybridization (FISH) and other techniques such as transmission and scanning electron microscopy (TEM, SEM) or confocal microscopy (CLSM) to give additional information about the structure and bacterial composition of granules.
1. Introduction. 2. Extracellular polymeric substances. 2.1. Characterization of EPS by new microscopic techniques. 2.2. Analysis of exoprotein composition by SDS-PAGE technique. 3.  Characterization of granules. 3.1. Characterization of canales and pores by CLSM. 3.2. Distribution of micro-population in granule by +uorescent microscopy. 3.3. Distribution of micro-population in granule by PCR-DGGE technique. 4. Summary

Diagnostyka serologiczna i molekularna grzybic inwazyjnych

Serological and molecular diagnostic methods for invasive fungal infections
T. Dzieciątkowski, A. Sulowska, M. Przybylski

1. Wstęp. 2. Diagnostyka serologiczna zakażeń Candida spp. 3. Diagnostyka serologiczna aspergillozy 4. Diagnostyka serologiczna kryptokokozy 5. Metody molekularne stosowane w diagnostyce grzybic inwazyjnych 6. Podsumowanie

Abstract: Various species of Candida spp. and Aspergillus spp. remain the most common cause of invasive fungal infections, but other yeasts and filamentous fungi are emerging as significant pathogens. Invasive mycoses continue to be a significant cause of morbidity, especially in transplant recipients and/or in patients undergoing long-time antibiotic therapy. A reliable and early diagnostic method of fungal infections by detecting fungal DNA or invasiveness factors, such as (1→3)-β-D-glucan or antimycelial antibodies, have proven very useful in reducing associated mortality in affected patients. This article is a review of the literature on current serological and molecular methods used in invasive fungemia diagnostics.

1. Introduction. 2. Serological diagnostics of Candida spp. infections. 3. Serological methods in diagnostics of invasive aspergillosis. 4. Serological diagnostics of Cryptococcus neoformans infections. 5. Molecular methods used in the diagnosis of invasive fungaemia. 8. Summary

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2020, 59, 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2020, 59, 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2020, 59, 4

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.