Browsing tag: grzyby

LUDZKI MYKOBIOM W STANACH NORMOBIOZY I DYSBIOZY – CHARAKTERYSTYKA I METODY ANALIZY

HUMAN MYCOBIOME IN NORMOBIOSIS AND DYSBIOSIS STATES CHARACTERISTICS AND ANALYSIS METHODS
Sebastian Gnat, Dominik Łagowski, Mariusz Dyląg, Aneta Nowakiewicz

PDF

Streszczenie: Choroby grzybicze dotykają rocznie ponad 300 milionów ludzi na całym świecie, powodując ponad 1,6 miliona zgonów. Nawet przy tak wysokim współczynniku chorobowości infekcji grzybiczych, stosunkowo niewiele gatunków grzybów jest patogenami, a inwazyjne infekcje grzybicze u zdrowych osób są rzadkością. Analizy porównawcze mykobiomów ujawniają, że ludzki organizm kolonizowany jest przez odpowiednie grzyby wkrótce po urodzeniu, a ilościowy i jakościowy skład tej mykobioty zmienia się w trakcie życia. W ostatnich latach prowadzone są analizy korelacji między strukturą mykobiomu i stanem zdrowia, jak również w kontekście stanów chorobowych, na poziomie interakcji grzyb-mykobiom-gospodarz. Zależność pomiędzy zasiedlanym przez grzyby obszarem ludzkiego ciała tzw. lokalizacją anatomiczną, a swoistymi dla tego obszaru gatunkami grzybów, pozwala wnioskować o istnieniu silnej presji selekcyjnej wybiórczo promującej rozwój gatunków swoistych dla danej niszy ekologicznej w obrębie organizmu. Inną kwestię stanowi walidacja i standaryzacja metod analizy mykobiomów. W tym aspekcie szczególnym zainteresowaniem cieszą się obecnie metody sekwencjonowania metagenomicznego. W tej pracy została zaprezentowana aktualna wiedza na temat mykobiomu w stanach fizjologicznych i chorobowych mających źródło w dysbiozie ukształtowanego już mikrobiomu. Omówione zostały również metody i wyzwania diagnostyczne w ilościowej i jakościowej analizie mykobiomów.

1. Wprowadzenie. 2. Mykobiom w zdrowiu i chorobie. 2.1. Mykobiom płuc. 2.2. Mykobiom jelit. 2.3. Mykobiom skóry. 2.4. Mykobiom a zaburzenia neurologiczne. 2.5. Mykobiom środowiskowy. 3. Badania nad mykobiomem w praktyce klinicznej. 4. Analiza mykobiomów: metodologie i wyzwania. 4.1. Przetwarzanie próbki. 4.2. Sekwencjonowanie amplikonów. 4.3. Sekwencjonowanie metagenomiczne. 4.4. Wyzwania bioinformatyczne. 5. Podsumowanie

 

Abstract: Fungal diseases affect over 300 million people worldwide each year and cause over 1.6 million deaths. Even with such a high prevalence of fungal infections, relatively few fungal species are pathogens, and invasive fungal infections are rarely diagnosed in healthy subjects. Comparative analyses of mycobiomes reveal that the human organism is colonized by specific fungi soon after birth, and the quantitative and qualitative composition of the mycobiota changes throughout life. In recent years, correlations between the mycobiome structure and health
status, also in disease conditions, have been analyzed at the level of fungus-mycobiome-host interactions. The relationship between the colonized area of the human body defined as anatomical location, and fungal species specific for this area, indicates a strong selective pressure that promotes the growth of species specific for a given ecological niche within the organism. Another issue is the validation and standardization of mycobiome analysis methods. In this respect, metagenomic sequencing methods are currently arousing considerable interest. The review presents the current knowledge about the mycobiome in physiological and disease states induced by the dysbiosis of the existing microbiome. The methods and diagnostic challenges in the quantitative and qualitative analysis of mycobiomes are discussed as well.

1. Introduction. 2. Mycobiome in health and disease states. 2.1. Pulmonary mycobiome. 2.2. Intestinal mycobiome. 2.3. Skin mycobiome. 2.4. Mycobiome and neurological disorders. 2.5. Environmental mycobiome. 3. Mycobiome studies in clinical practice. 4. Analysis of mycobiomes: methodologies and challenges. 4.1. Sample processing. 4.2. Amplicon sequencing. 4.3. Metagenomic sequencing. 4.4. Bioinformatics challenges. 5. Summary

THE IMPORTANCE OF BIOAEROSOL IN FORENSIC INVESTIGATIONS

ZNACZENIE BIOAEROZOLU W BADANIACH KRYMINALISTYCZNYCH
Karol Bulski

PDF

Abstract: The article discusses the importance of bioaerosol in terms of forensic microbiology and explains its usefulness in forensic investigations. Examples of investigative practice and crime investigations available in the literature are also presented, with special focus on the importance of biological aerosol analyses during evidence proceedings.
1. Introduction. 2. Biological aerosols. 3. Bioaerosols in forensic investigations. 4. Summary

Streszczenie: W artykule omówiono znaczenie bioaerozolu pod kątem mikrobiologii sądowej oraz wyjaśniono jego przydatność w badaniach kryminalistycznych. Przedstawiono również dostępne w literaturze przykłady z praktyki śledczej i przeprowadzonych dochodzeń, ze szczególnym zwróceniem uwagi na przydatność analiz aerozoli biologicznych w postępowaniu dowodowym.
1. Wstęp. 2. Aerozole biologiczne. 3. Bioaerozole w badaniach kryminalistyczny

BIOTECHNOLOGICZNE I BIOMEDYCZNE ZASTOSOWANIA DEHYDROGENAZY CELOBIOZOWEJ GRZYBÓW

BIOTECHNOLOGICAL AND BIOMEDICAL APPLICATIONS OF FUNGAL CELLOBIOSE DEHYDROGENASE
Katarzyna Olszewska, Anna Olszewska, Jerzy Rogalski, Justyna Sulej

 PDF

Streszczenie: Dehydrogenaza cellobiozowa (CDH) należy do zewnątrzkomórkowych enzymów oksydoredukcyjnych, produkowanych przez grzyby rozkładające drewno, należące zarówno do Basidiomycota jak i Ascomycota. Enzym ten posiada binarną strukturę, zawierającą dwa kofaktory (FAD i hem), zlokalizowane w oddzielnych domenach połączonych proteolitycznie wrażliwym regionem zawiasowym. Ze względu na unikalną budowę oraz właściwości, CDH wykazuje ogromny potencjał aplikacyjny, zarówno biotechnologiczny jak i biomedyczny. Celem niniejszej pracy jest przegląd literatury dotyczącej właściwości katalitycznych dehydrogenazy celobiozowej oraz jej potencjalnych zastosowań.

1. Wprowadzenie. 2. Dehydrogenaza celobiozowa. 2.1. Historia odkrycia i klasyfikacja enzymu. 2.2. Struktura, mechanizm działania i właściwości. 3. Potencjał aplikacyjny dehydrogenazy celobiozowej. 3.1. Biomedyczne zastosowania. 3.2. Zastosowanie dehydrogenazy celobiozowej w procesach biotechnologicznych. 4. Podsumowanie

Abstract: Cellobiose dehydrogenase (CDH) is an extracellular oxidoreductive enzyme produced by wood-decaying fungi belonging to the phylum Basidiomycota and Ascomycota. This enzyme has a binary structure containing two cofactors (FAD and hem), located in separate domains and connected by a proteolytically sensitive linker. Due to its unique structure and properties, CDH has great potential for application in both biotechnology and biomedical applications. The aim of this paper is to review the literature on catalytic properties of cellobiose dehydrogenase and its potential applications.

1. Introduction. 2. Cellobiose dehydrogenase. 2.1. History of discovery and classification of the enzyme. 2.2. Structure, mechanism of action and properties. 3. Application potential of cellobiose dehydrogenase. 3.1. Biomedical applications. 3.2. Application of cellobiose dehydrogenase in biotechnological processes. 4. Summary

Mikroflora i parazytofauna obcych i inwazyjnych gatunków żółwi

Microflora and parasitofauna of alien and invasive turtle species
O. Goławska, M. Demkowska-Kutrzepa, E. Borzym, P. Różański, M. Zając, A. Rzeżutka, D. Wasyl

1. Wstęp. 2. Inwazyjne gatunki żółwi. 3. Bakterie. 3.1. Salmonella spp. 3.1.1. Reptile Associated Salmonellosis (RAS). 3.2. Prątki. 3.3. Inne bakterie. 4. Parazytofauna żółwi. 4.1. Żółwie inwazyjne źródłem zarażenia helmintami żółwia błotnego. 4.2. Występowanie i patogenność obcych pasożytów u natywnych i obcych gatunków żółwi. 5. Infekcje wirusowe. 6. Infekcje grzybicze. 7. Podsumowanie

Abstract: Invasiveness of alien turtles results from their impact on the functioning of the local ecosystem. It is due to predation on or competing with resident species, but also transfer of new and unknown pathogenic bacteria, viruses, parasites, or fungi. Salmonella is the most often reported microorganism, both in free-living and captive turtles. Zoonotic aspect of Salmonella spp. carriage has led to the definition of RAS (Reptile Associated Salmonellosis) acquired from domestic pet reptiles. Mycobacterium spp., Leptospira spp. and aquatic bacteria are also found in turtles. Additionally, nematode transmissions from invasive turtles to the autochthonic ones have been described. Alien turtles were less affected by parasitic invasion than animals living in a native location, but the infestation of alien parasites in native turtle species was usually more severe. Reports on viral or fungal infections in turtles are scarce. The identified knowledge gaps justify the need for research which will provide basic and systematic data on microbial threats related to alien and invasive turtles present in the natural environment of Poland. It will also give more insight in the scope and the impact of the problem on epidemiology and public health.

1. Introduction. 2. Invasive turtle species. 3. Bacteria. 3.1. Salmonella spp. 3.1.1. Reptile Associated Salmonellosis (RAS). 3.2. Mycobacteria. 3.3. Other bacteria. 4. Parasitofauna of turtles. 4.1. Invasive turtles as a source of helminth invasion of European pond turtle. 4.2. Occurrence and invasiveness of alien parasites in native and alien turtles. 5. Viral infections. 6. Mycotic infection. 7. Conclusions

Mikrobiom człowieka

The human microbiome
M. Malinowska, B. Tokarz-Deptuła, W. Deptuła

1. Wprowadzenie 2. Mikrobiom skóry 3. Mikrobiom jamy ustnej 4. Mikrobiom przewodu pokarmowego 5. Mikrobiom dróg oddechowych 6. Mikrobiom układu moczowo-płciowego 7. Podsumowanie

Abstract: The human microbiome is represented by bacteria, archea, viruses, including bacteriophages, and fungi. These microorganisms colonize the human body and are necessary for the maintenance of homeostasis, including human immune status. Even though human microbiome is vital for the functioning of the human organism, it is still poorly understood, especially when it comes to archea, but also viruses and fungi. The aim of this study is to present the current state of knowlegde about the microorganisms inhabiting essential biotypes of the human body, i.e. the skin, the mouth and the digestive tract, as well as the respiratory and urogenital tract.

1. Introduction. 2. The skin microbiome. 3. The oral microbiome. 4. The digestive tract microbiome. 5. The respiratory tract microbiome. 6. The urinary tract microbiome. 7. Summary

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2021, Tom 60, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2021, Tom 60, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2021, Tom 60, Zeszyt 1

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.