Browsing tag: antimicrobial resistance

THE ROLE OF THE BACTEROIDES SPP. IN BACTERAEMIA

ROLA BACTEROIDES SPP. W BAKTERIEMII
Mateusz Wysocki, Marta Kierzkowska, Edyta Podsiadły

PDF

 

Abstract: Anaerobic bacteraemia is not frequent (1.2–13.7%), but is associated with a high mortality rate of 16–27%. Anaerobic infections including bacteraemia nearly always arise from contamination by endogenous bacteria into contiguous or other sites like gastrointestinal tracts, genito-urinary tracts, abscesses etc. Factors leading to anaerobic bacteraemia are mainly surgical procedures, crush injuries, the presence of foreign bodies, tissue necrosis, tumours, diabetes. The most common infectious anaerobic agents are Gram-negative bacilli belonging to the Bacteroides/Parabacteroides, which under normal conditions constitute the natural human microflora. An important factor in the virulency of B. fragilis is the ability to form abscesses; a limited infection may progress to bacteraemia and then systemic inflammatory response syndrome and sepsis. Anaerobic bacteraemia mainly affects adults, with elderly patients over 65 years with underlying diseases. The importance of anaerobic bacteria in neonatal bacteraemia and sepsis is a relatively new phenomenon. In contrast the prevalence of anaerobes in bloodstream infections in children is extremely rare with children between 2 and 6 years of age having the least risk ranging 0–0.5% overall. The incidence of recovery of anaerobes in neonatal bacteraemia varies between 1.8% and 12.5%. The majority of cases reported in the literature were due to Bacteroides spp. (41%) other cultured anaerobes belonged to Clostridium spp. (32%), Peptostreptococcus spp. (20%).
Blood cultures remain the gold standard for detection of the etiologic both anaerobes and aerobes agent of bloodstream infection. In recent years significant progress has been made in the methods used in the diagnosis of anaerobes, which significantly reduced the time and cost of the examination. Currently, the mass spectometry MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequencing are increasingly used for anaerobic bacteria identification. In 2022, EUCAST published standardized disk diffusion method for the drug susceptibility testing of Bacteroides spp. and other 4 clinically significant anaerobes. Determining the sensitivity of anaerobes to antibiotics is important due to the increasing drug resistance in this group. Number of B. fragilis strains resistant to clindamycin and moxifloxacin is increasing. According to the published studies sensitivity to clindamycin and moxifloxacin is significantly rare and occurs in 64% and 68% of isolates and in 50.8%
and 58.2% respectively. Carbapenems and metronidazole continue to be the most effective active antibiotics to be used in the empirical therapy of anaerobic bacteraemia. There are case reports of infections caused by multidrug-resistant strains of Bacteroides spp, meaning resistant to at least three antibiotics from different groups. Rapid microbial diagnosis, targeted therapy and surgical treatment of a possible source of infection are crucial in treatment of sepsis caused by anaerobic bacteria.

1. Introduction. 2. The genus Bacteroides. 3. Risk factors of anaerobic bacteraemia. 4. Microbiological diagnosis of anaerobic bacteraemia. 5. Treatment of anaerobic bacteraemia. 6. Development of resistance to recognised antimicrobial agents in strains of Bacteroides spp. 7. Summary

Streszczenie: Bakteriemia o etiologii beztlenowcowej nie jest częsta (1,2–13,7%), ale wiąże się z wysoką śmiertelnością, sięgającą 16–27%. Zakażenia bakteriami beztlenowymi, w tym bakteriemia, prawie zawsze powstają w wyniku zakażenia endogennego bakteriami bytującymi na przylegających tkankach lub innych miejscach, takich jak przewód pokarmowy, układ moczowo-płciowy, ropnie itp. Czynniki prowadzące do beztlenowej bakteriemii to głównie zabiegi chirurgiczne, zmiażdżenia, obecność ciał obcych, martwica tkanek, guzy nowotworowe, cukrzyca. Najczęstszymi bakteriami beztlenowymi powodującymi zakażenia krwi są pałeczki Gram-ujemne należące do rodzaju Bacteroides/Parabacteroides, które w normalnych warunkach stanowią naturalną mikroflorę człowieka. Ważnym czynnikiem zjadliwości B. fragilis jest zdolność do tworzenia ropni. Ta ograniczona infekcja może prowadzić do bakteriemii, a następnie do zespołu ogólnoustrojowej odpowiedzi zapalnej i sepsy. Bakteriemia beztlenowa dotyka głównie dorosłych, w tym starszych pacjentów w wieku powyżej 65 lat z chorobami podstawowymi. W przeciwieństwie do tego, występowanie bakterii beztlenowych w zakażeniach krwi u dzieci jest niezwykle rzadkie, z najniższym poziomem ryzyka u dzieci w wieku od 2 do 6 lat wynoszącym 0–0,5%. Znaczenie bakterii beztlenowych w bakteriemii i posocznicy noworodków jest zjawiskiem stosunkowo nowym. Częstość wyhodowań beztlenowców z krwi u noworodków waha się od 1,8% do 12,5%. Za większość przypadków opisanych w piśmiennictwie odpowiada Bacteroides spp. (41%), inne hodowane beztlenowce należą do Clostridium spp. (32%), Peptostreptococcus spp. (20%). Posiewy krwi pozostają złotym standardem w wykrywaniu czynnika etiologicznego zakażenia krwi, zarówno beztlenowego, jak i tlenowego. W ostatnich latach odnotowano znaczący postęp w metodach stosowanych w diagnostyce beztlenowców, co znacząco skróciło czas i koszt badania. Obecnie, coraz częściej do identyfikacji tych bakterii wykorzystuje się spektometrię masową MALDI-TOF MS i sekwencjonowanie 16S rRNA. W 2022 EUCAST opublikował wytyczne dla znormalizowanej metody dyfuzyjno-krążkowej do badania lekowrażliwości Bacteroides spp. oraz innych 4 innych ważnych gatunków bakterii beztlenowych. Oznaczanie wrażliwości beztlenowców na antybiotyki jest ważne ze względu na rosnącą w tej grupie lekooporność. Najbardziej znaczące zmiany dotyczą wzrastającej liczby szczepów B. fragilis opornych na klindamycynę i moksyfloksacynę. Według opublikowanych badań wrażliwość na klindamycynę i moksyfloksacynę występuje tylko u odpowiednio 64– 68% i 50,8–58,2% szczepów. Karbapenemy i metronidazol nadal pozostają najskuteczniejszymi środkami przeciwdrobnoustrojowymi przeciwko tym bakteriom i mogą być stosowane w empirycznej terapii bakteriemii beztlenowej. Pojawiają się kazuistyczne doniesienia o zakażeniach wywołanych przez wielolekooporne szczepy Bacteroides spp tzn. oporne na co najmniej trzy antybiotyki z różnych grup. Szybka diagnostyka drobnoustrojów, chirurgiczne leczenie infekcji mają kluczowe znaczenie w terapii celowanej w przypadkach sepsy wywołanej przez bakterie beztlenowe.

1. Wprowadzenie. 2. Rodzaj Bacteroides. 3. Czynniki sprzyjające zakażeniom beztlenowcami. 4. Diagnostyka mikrobiologiczna posiewów krwi w kierunku beztlenowców. 5. Leczenie bakteriemii o etiologii beztlenowcowej. 6. Rozwój oporności u szczepów Bacteroides spp. na uznawane środki przeciwko beztlenowcom. 7. Podsumowanie

CURRENT CHALLENGES OF VETERINARY MICROBIOLOGICAL DIAGNOSTICS CONCERNING THE SUSCEPTIBILITY OF STAPHYLOCOCCI TO ANTIBIOTICS

Aktualne wyzwania weterynaryjnej diagnostyki mikrobiologicznej dotyczącej oznaczania lekowrażliwości gronkowców
Magdalena Kizerwetter-Świda, Dorota Chrobak-Chmiel, Magdalena Rzewuska

DOWNLOAD PDF FILE

Abstract: Staphylococci belong to bacteria often isolated from clinical material obtained from animals. Unlike in human medicine, in veterinary, different species of coagulase-positive staphylococci are isolated from clinical specimens, and except Staphylococcus aureus, Staphylococcus pseudintermedius, and other species are also often recognized. Recently, the taxonomy of staphylococci has been updated, therefore, now it is necessary to recognize the new species as well. Currently, coagulase-negative staphylococci are considered an important group of opportunistic pathogens. The accurate identification of species within the genus Staphylococcus is important because, according to the EUCAST and CLSI recommendations, the interpretation of the results of susceptibility testing for S. aureus and coagulase-negative staphylococci is different. Furthermore, the resistance to methicillin in S. aureus strains is detected using a cefoxitin disk, whereas in the case of S. pseudintermedius – using an oxacillin disk. An important problem for veterinary microbiological laboratories is a limited number of unified guidelines on methodology and guidelines specifying the interpretation of the results of antibiotic susceptibility testing. The lack of available recommendations for some antibiotics testing results in the fact that veterinary laboratories often use the guidelines established for human pathogens. There is an urgent necessity for harmonization of methods and to develop guidelines for the interpretation of results of susceptibility testing for different bacteria, including various species of staphylococci from the individual animal host.

1. Introduction. 2. Problems with the identification of staphylococci isolated from animals. 3. Determination of susceptibility of staphylococci – traditional methods. 4. Alternative methods for determining the susceptibility of staphylococci. 5. Detection of staphylococcal resistance to methicillin. 6. Interpretation of the results of the susceptibility testing of veterinary pathogens. 7. Prevention of the antimicrobial resistance. 8. Summary

Streszczenie: Gronkowce należą do bakterii często izolowanych z materiału klinicznego pobieranego od zwierząt. W weterynarii z próbek klinicznych oprócz Staphylococcus aureus izolowane są także inne gatunki gronkowców koagulazo-dodatnich. Ponadto, coraz częściej rozpoznawane są także gronkowce koagulazo-ujemne. Taksonomia rodzaju Staphylococcus ulegała ostatnio aktualizacji, wyodrębniono kilka nowych gatunków, które mogą również występować u zwierząt. Powoduje to pewne trudności w precyzyjnej identyfikacji gronkowców. Dokładna identyfikacja gatunków z rodzaju Staphylococcus jest niezwykle istotna, ponieważ, zgodnie z zaleceniami EUCAST i CLSI, interpretacja wyników badań lekowrażliwości S. aureus i gronkowców koagulazo-ujemnych jest różna. Ponadto oporność na metycylinę wśród szczepów S. aureus wykrywa się przy pomocy krążków z cefoksytyną, natomiast w przypadku Staphylococcu pseudintermedius – z użyciem oksacyliny. Ważnym problemem weterynaryjnych laboratoriów mikrobiologicznych jest ograniczona liczba ujednoliconych wytycznych dotyczących metodologii badań oraz wytycznych określających interpretację wyników oznaczania wrażliwości na antybiotyki. Wytyczne takie powinny dotyczyć różnych gatunków bakterii, w tym także gronkowców, izolowanych od różnych gatunków zwierząt. Aktualne wytyczne CLSI z roku 2015 zwierają takie zalecenia, choć w organicznym zakresie. Rekomendacje opracowane przez EUCAST są przeznaczone dla mikroorganizmów izolowanych od ludzi i nie powinny być stosowane przez laboratoriach weterynaryjnych. Ponadto dostępne zalecenia nie uwzględniają nowych gatunków gronkowców. Istniej pilna potrzeba harmonizacji metod stosowanych w weterynaryjnych laboratoriach mikrobiologicznych oraz opracowania wytycznych dotyczących interpretacji wyników oznaczania lekowrażliwości dla różnych bakterii, w tym różnych gatunków gronkowców izolowanych od poszczególnych gatunków zwierząt.

1. Wstęp. 2. Trudności w identyfikacji gronkowców izolowanych od zwierząt. 3. Oznaczanie lekowrażliwości gronkowców – metody tradycyjne. 4. Alternatywne metody określania lekowrażliwości gronkowców. 5. Wykrywanie oporności gronkowców na metycylinę. 6. Interpretacja wyników badania lekowrażliwości patogenów weterynaryjnych. 7. Przeciwdziałanie narastaniu oporności drobnoustrojów na antybiotyki. 8. Podsumowanie

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2022, Tom 61, Zeszyt 1

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.