Molekularne metody identyfikacji bakterii z rodzaju Staphylococcus


Molecular methods for the identification of bacteria from the genus Staphylococcus
E. Szczuka, N. Makowska, A. Kaznowski

1. Wprowadzenie. 2.1. Różnicowanie gatunków na postawie sekwencji 16S rDNA. 2.2. Wykorzystanie polimorfizmu międzygenowego 16S rRNA i 23S rRNA do identyfikacji gronkowców. 2.3. Identyfikacja gronkowców na podstawie sekwencji oraz analizy restrykcyjnej genu gap. 2.4. Sekwencja genu hsp60 jako marker genetyczny stosowany w klasyfikacji i identyfikacji gronkowców. 2.5. Polimorfizm genu dnaJ wykorzystany w identyfikacji Staphylococcus spp. 2.6. Różnicowanie gatunków gronkowców na podstawie sekwencji genu tuf. 2.7. Diagnostyka gatunków gronkowców w oparciu o polimorfizm genu sodA. 2.8. Identyfikacja na postawie sekwencji genu rpoB. 3. Zastosowanie reakcji PCR w czasie rzeczywistym w diagnostyce gronkowców. 4. Wykorzystanie spektrometrii mas w identyfikacji gronkowców. 5. Podsumowanie

Abstract: Staphylococci are increasingly recognized as etiological agent of many opportunistic human and animal infections, indicating the need for rapid and accurate identification of these bacteria. In recent years, a significant progress in the identification and phylogenetic studies of Staphylococcus species has been made. In this paper we describe several molecular methods used in taxonomy and identification of staphylococci. The analysis of 16S rRNA gene, gap gene (coding for glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), hsp60 gene (encoding heat shock protein Hsp60), dnaJ gene (encoding heat shock protein Hsp40), tuf gene (encoding elongation factor Tu), sodA gene (encoding superoxide dismutase), ropB gene (encoding the beta subunit of RNA polymerase) has been used as tool for the identification of Staphylococcus isolates. Besides the sequence analysis, the PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis of core genes (16S rRNA, gap, hsp60, dnaJ, tuf) has been described. Attention is also paid to new molecular methods such as real-time PCR and mass spectrometry.

1. Introduction. 2.1. Differentiation of staphylococcal species based on 16S rRNA gene sequence. 2.2. Use of the polymorphism of the 16S-23S rRNA spacer for staphylococci identification. 2.3. Identification of staphylococci using the sequence and restriction fragment length polymorphism analysis of gap gene. 2.4. The sequence of the hsp60 gene as a marker for classification and identification of staphylococci. 2.5. Use of polymorphism of dnaJ gene for the identification of Staphylococcus spp. 2.6. Differentiation of staphylococcal species based on tuf gene sequence. 2.7. Use of the polymorphism of sodA gene in diagnostics of staphylococcal species. 2.8. Identification based on ropB gene sequence. 3. Application of real-time PCR in diagnostics of staphylococci. 4. Application of mass spectrometry in the identification of staphylococcal isolates. 5. Summary

Najnowszy numer

Najnowszy numer

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2018, 57, 4

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.