All posts by Postępy Mikrobiologii

Petycja



Polecamy uwadze naszych Czytelników petycję wystosowaną przez Prezes Polskiego Towarzystwa Botanicznego oraz Dyrektor Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN do Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Opisana w petycji sytuacja dotyczy wielu polskich wydawnictw, w tym Postępów Mikrobiologii. W związku z tym gorąco apelujemy o podpisanie poniższej petycji:

Petycja w sprawie polskich czasopism naukowych

MOLEKULARNE METODY DIAGNOSTYKI DERMATOMYKOZ – PRZEGLĄD DOSTĘPNYCH TECHNIK ORAZ OCENA ICH ZALET I WAD W IMPLEMENTACJI DO RUTYNOWEGO STOSOWANIA

MOLECULAR METHODS FOR DIAGNOSTICS OF DERMATOMYCOSES – REVIEW OF AVAILABLE TECHNIQUES AND EVALUATION OF THEIR ADVANTAGES AND DISADVANTAGES IN IMPLEMENTATION FOR IN ROUTINE USE
Sebastian Gnat, Dominik Łagowski, Aneta Nowakiewicz, Mariusz Dyląg

DOWNLOAD PDF FILE

Streszczenie: Infekcje grzybicze skóry, włosów i paznokci stanowią najliczniejszą i najbardziej rozpowszechnioną grupę wszystkich grzybic. Czynnikami etiologicznymi większości grzybiczych infekcji powierzchownych są dermatofity, które, pomimo że są najstarszymi mikroorganizmami uznanymi za czynniki chorobotwórcze, długo nie doczekały się stabilnego systemu taksonomicznego. Z diagnostycznego punktu widzenia, identyfikacja gatunkowa dermatofitów wciąż stanowi poważny problem w postępowaniu identyfikacyjnym, z czego wynikają częste błędy terapeutyczne. Wzrastająca liczba zakażeń, w tym również odzwierzęcych, brak stabilności taksonomicznej i niejednoznaczny obraz kliniczny wszystkich przypadków dermatomykoz powodują konieczność poszukiwania nowych metod szybkiej, taniej i powtarzalnej identyfikacji gatunkowej tych grzybów. Ostatnia dekada stanowi rewolucyjny czas opracowywania molekularnych metod diagnostyki i identyfikacji gatunkowej czynników etiologicznych powodujących te dermatomykozy. Wyniki wielu badań wskazują, że bezpośrednia identyfikacja grzybów z próbek dermatologicznych w oparciu o metody molekularne jest o wiele bardziej wiarygodna i znacznie szybsza w porównaniu z prowadzoną metodami konwencjonalnymi. Niejednokrotnie, identyfikowano też czynnik etiologiczny obserwowanych zmian, podczas gdy wynik hodowli był negatywny. Poszczególne metody molekularne stosowane w identyfikacji gatunkowej grzybów bezpośrednio z materiału klinicznego różnią się sposobami ekstrakcji DNA genomowego, zastosowanymi technikami PCR, wykorzystywanym markerem molekularnym oraz systemem interpretacji wyników. W niniejszej pracy dokonano przeglądu literatury traktującej o różnych metodach diagnozowania grzybic powierzchniowych opartych o techniki biologii molekularnej, o ich zaletach i ograniczeniach, a także o czynnikach krytycznych dla ich implementacji do rutynowego stosowania. Stanowisko mikrobiologów wydaje się być jednoznaczne, czas, kiedy diagnostyka molekularna zastąpi konwencjonalne techniki oparte na hodowli dermatofitów i ocenie ich morfologii, nieubłaganie nadchodzi. Molekularne metody identyfikacji czynników etiologicznych dermatomykoz bezpośrednio z próbek dermatologicznych są zdecydowanie bardziej atrakcyjne i mają wiele zalet.

1. Wprowadzenie. 2. Znaczenie identyfikacji gatunkowej dermatofitów w próbkach dermatologicznych. 3. Molekularna identyfikacja gatunkowa czystych kultur dermatofitów. 4. Metody bezpośredniej identyfikacji grzybów z prób klinicznych. 4.1. Izolacja DNA. 4.2. Techniki bezpośredniej identyfikacji oparte na klasycznym PCR. 4.3. Techniki bezpośredniej identyfikacji oparte na PCR w czasie rzeczywistym. 5. Wybór optymalnej metody do stosowania rutynowego. 6. Zalety i wady molekularnych metod identyfikacyjnych stosowanych w mykologii. 7. Podsumowanie

Abstract: Fungal infections of the skin, hairs, and nails undeniably dominate among all types of fungal infections. The etiological factors of the majority of superficial fungal infections are dermatophytes which, although they are the oldest microorganisms considered as pathogens, have long been unstable in the taxonomic position. From a diagnostic point of view, the species identification of dermatophytes is still a serious problem, often generating therapeutic errors. An increasing number of infections, including zoonoses, lack of taxonomic stability and ambiguous clinical picture of all cases of dermatomycosis induce to search for new, fast, repeatable and at the same time cheap methods of species identification of these fungi. In the last decade, revolutionary progress has been observed in the development of molecular methods for the diagnosis of fungal infections and the reliable identification of species of etiological factors that cause these dermatomycoses. The results of many studies indicate that the direct identification of fungi from dermatological samples based on molecular methods is much more reliable and much faster compared to that carried out by conventional methods. Often, the etiological factor of the observed changes was also identified, while the result of cultivation was negative. Particular molecular methods used in the species identification of fungi directly from the clinical material differ in the procedures of genomic DNA extraction, PCR techniques used, the molecular marker used and the results interpretation system. This paper reviews literature regarding different methods of diagnosing of superficial fungal infections based on molecular biology techniques, their advantages and limitations, as well as critical factors for their implementation for routine use. The position of microbiologists in this matter seems to be a foregone conclusion, the time when molecular diagnostics will replace the conventional techniques, based on the cultivation of dermatophytes and assessing their morphology, inexorably coming. Molecular methods of identifying aetiological factors of dermatomycoses directly from dermatological samples are much more attractive and have many advantages.

1. Introduction. 2. Importance of identification of dermatophyte species in dermatological samples. 3. Molecular species identification in pure dermatophyte cultures. 4. Methods for direct identification of fungi from clinical samples. 4.1. DNA isolation. 4.2. Classical PCR-based techniques of direct identification. 4.3. Real-time PCR-based techniques of direct identification. 5. Choice of an optimal method for routine use. 6. Advantages and drawbacks of molecular identification methods applied in mycology. 7. Summary

Opłaty za publikacje od 2020 roku



Szanowni Autorzy,

Dotacja przyznana przez MNiSW umożliwiła przez ostatnie dwa lata powstanie wielu dwujęzycznych publikacji, dziękujemy za nadesłane prace i udział w procesie tłumaczenia. Niestety, projekt dobiegł końca i musimy polegać na naszych Autorach w kwestii dalszego procesu umiędzynarodowiania Postępów Mikrobiologii. W celu pozyskania dodatkowych środków, które zostaną wykorzystane do stymulacji dalszego rozwoju  naszego kwartalnika, Zarząd PTM w porozumieniu z Redakcją ustanowił nowe stawki za publikowanie prac. W przyszłym roku będziemy pobierać wyższe opłaty za publikację dla artykułów w języku polskim, które zostaną nadesłane po 31 XII 2019 r. Natomiast artykuły napisane w języku angielskim będą publikowane po korzystniejszych na korzystniejszych, niż dotychczas, warunkach.

Szczegółowe informacje wraz z najnowszymi wiadomościami wydawniczymi poddajemy poniżej, aktualne stawki zostały też już umieszczone na podstronie INFORMACJE O OPŁATACH.

(więcej…)

MICROBIOME OF THE WOMEN’S GENITAL SYSTEM

MIKROBIOM UKŁADU PŁCIOWEGO KOBIET
Monika Pytka, Monika Kordowska-Wiater, Piotr Jarocki

PDF

Abstract: The genital system of women has been colonized by various species of microorganisms since the beginning of life. In the postnatal period, the method of birth is important; when a child is born naturally, passing the female genital tract, it acquires bacteria present in the mother’s vagina, and when through the cesarean section, the child’s organism is first colonized by the mother’s skin microbiota and hospital strains. In female newborns during the first days after the natural birth, the presence of Lactobacillus rods, which acidify the vagina, is readily observed. Later, however, they disappear and during the childhood period, the pH of the vagina becomes alkaline. Only in the period of puberty and full puberty, as a result of the increase in the level of estrogen in the female body, the amount of Lactobacillus strains increases and this continues up to the menopause period, when pathogenic strains begin to dominate. The female vagina is home to not only numerous bacteria, but also fungi, including mainly Candida yeast and filamentous fungi at a lower extent. Dysbiosis of the vagina may be caused by the predominance of pathogenic bacteria over Lactobacillus, resulting in bacterial vaginosis or excess of Candida yeast, resulting in candidiasis. An effective method leading to the homeostasis of the female sexual system is the use of vaginal probiotics, which should consist of strains characteristic to a given female population.

1. Introduction. 2. Microbiome of the baby in the prenatal and postnatal period. 3. Lactobacillus genus as the dominant microbiota of the female genital system. 4. Mycobiome of the female vagina. 5. Vaginal probiotics. 6. Summary

Streszczenie: Układ płciowy kobiet już od początku życia jest kolonizowany przez różnorodne gatunki drobnoustrojów. W okresie postnatalnym istotne znaczenie ma sposób narodzin dziecka; jeśli narodziło się w sposób naturalny to przechodząc przez drogi rodne matki nabyło bakterie bytujące w jej pochwie, a jeśli w wyniku cesarskiego cięcia, jego organizm został na początku zasiedlony przez mikrobiotę skóry matki oraz szczepy szpitalne. U noworodków płci żeńskiej, przez pierwsze dni po porodzie naturalnym obserwuje się obecność pałeczek mlekowych Lactobacillus, które zakwaszają pochwę. Później jednak zanikają i w okresie dziecięcym pH staje się zasadowe. Dopiero w okresie dojrzewania i pełnej dojrzałości płciowej, w wyniku zwiększenia poziomu estrogenów w kobiecym organizmie, następuje wzrost liczby szczepów Lactobacillus i trwa to aż do okresu menopauzy, kiedy zaczynają dominować szczepy patogenne. Kobieca pochwa jest miejscem bytowania nie tylko licznych bakterii, ale również grzybów, w tym głównie drożdży z rodzaju Candida, oraz mniej licznych grzybów strzępkowych. Dysbioza pochwy może być spowodowana przewagą bakterii patogennych nad pałeczkami Lactobacillus, co skutkuje waginozami bakteryjnymi lub nadmiarem drożdży Candida, w efekcie czego pojawiają się kandydozy. Skuteczną metodą prowadzącą do homeostazy układu płciowego kobiet jest stosowanie probiotyków dopochwowych, które powinny składać się ze szczepów charakterystycznych dla danej populacji kobiet.

1. Wprowadzenie. 2. Mikrobiom dziecka w okresie prenatalnym i postnatalnym. 3. Rodzaj Lactobacillus jako dominująca mikrobiota w układzie płciowym kobiet. 4. Mykobiom kobiecej pochwy. 5. Probiotyki dopochwowe. 6. Podsumowanie

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2019, 58, 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2019, 58, 4

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2019, 58, 4

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.