All posts by Postępy Mikrobiologii

POTENCJALNE MOŻLIWOŚCI WYKRYWANIA DNA HPV W PŁYNNEJ BIOPSJI I DIAGNOSTYCE RAKA GŁOWY I SZYI

POTENTIAL POSSIBILITIES OF HPV DNA DETECTION IN LIQUID BIOPSY FOR DIAGNOSIS OF PATIENTS WITH HEAD AND NECK CANCER
Barbara Masarczyk, Tomasz W. Rutkowski, Agnieszka M. Mazurek

PDF

 

Streszczenie: Płynna biopsja polega na badaniu krążącego we krwi, pozakomórkowego DNA (cfDNA, circulating cell-free DNA) pochodzącego z komórek prawidłowych lub nowotworowych. Analiza małej ilości krwi może być bogatym źródłem informacji o stanie zdrowia pacjenta chorującego na nowotwór. Płynna biopsja może być alternatywą do biopsji z guza, ale przedstawia szczególną wartość w przypadkach niedostępności materiału tkankowego oraz możliwości wielokrotnego jej powtarzania. Frakcja cfDNA pochodząca z guza nazywana jest w onkologii ctDNA (circulating tumor DNA). Przykładem ctDNA mogą być sekwencje genomu wirusa brodawczaka ludzkiego (HPV, Human Papillomavirus), który jest czynnikiem etiologicznym niektórych raków regionu głowy i szyi (RRGiSz), a w szczególności gardła środkowego (RGŚ). Najczęstszym genotypem występującym w RGŚ jest HPV16. Bezinwazyjne i częste oznaczanie DNA HPV16 we krwi (ctHPV16, circulating tumor HPV type 16) daje możliwość monitorowania przebiegu choroby w trakcie leczenia i po jego zakończeniu. Bardzo dobrymi narzędziami do detekcji DNA HPV są techniki bazujące na reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), do których należy ilościowy PCR w czasie rzeczywistym (qPCR, quantitative polymerase chain reaction) i cyfrowy emulsyjny PCR (ddPCR, digital droplet PCR). Użycie tych technik do oznaczania DNA wirusa daje wysoką specyficzność i czułość badania. Wykrywanie ctHPV16 po zakończonym leczeniu może być pomocne w rozpoznaniu choroby resztkowej, którą trudno ocenić w obrazowaniu radiologicznym. Biomarker jakim jest ctHPV16 można z powodzeniem zastosować do diagnostyki efektów leczenia chorych na RGŚ, który w przyszłości może być pomocny w podejmowaniu decyzji terapeutycznych.

1. Wprowadzenie. 2. Proces onkogenezy z udziałem ludzkiego wirusa brodawczaka (HPV). 3. Płynna biopsja i pozakomórkowy nowotworowy DNA we krwi. 4. Metody detekcji krążącego DNA HPV we krwi. 5. Krążące DNA HPV w monitorowaniu przebiegu chemioradioterapii i wczesnej ocenie stanu wyleczenia chorych na raka gardła środkowego. 6. Podsumowanie

Abstract: Liquid biopsy involves testing extracellular DNA (cfDNA – circulating, cell-free DNA) circulating in the blood and deriving from normal or cancer cells. Analysis of a small amount of blood can be a rich source of information about the health status of cancer patient. Liquid biopsy may be an alternative to tumor biopsy, but it presents particular value in cases of inaccessibility of tissue samples and the possibility of repeating it many times. The tumor-derived cfDNA fraction is called circulating tumor DNA (ctDNA) in oncology. An example of ctDNA may be the genome sequences of the Human Papillomavirus (HPV), which is the etiological factor of some head and neck cancers (HNC), in particular of the oropharyngeal cancer (OPC). HPV16 is the most common genotype found in OPC. Noninvasive and frequent determination of HPV16 DNA (ctHPV16) in the blood gives the opportunity to monitor the course of the disease during and after treatment. Very good tools for HPV DNA detection are techniques based on polymerase chain reaction (PCR) like quantitative real-time PCR (qPCR) and digital droplet PCR (ddPCR). The use of these techniques for virus DNA detection in the blood gives high specificity and sensitivity of the analysis. Determination of ctHPV16 after treatment may be helpful in diagnosis of residual disease, which is difficult to assess in radiological imaging. The ctHPV16 biomarker can be successfully used to diagnose the effects of treatment of patients with OPC, which in the future may be helpful in making therapeutic decisions.

1. Introduction. 2. The process of oncogenesis involving the human papillomavirus (HPV). 3. Liquid biopsy and tumor cell-free DNA in the blood . 4. Methods of ctHPV detection in blood. 5. ctHPV in monitoring of chemoradiotherapy and early assessment of treatment results of patients with oropharyngeal cancer. 6. Summary

COLIFAGI SOMATYCZNE JAKO WSKAŹNIK W OCENIE JAKOŚCI WODY DO PICIA

SOMATIC COLIPHAGES AS AN INDICATOR IN DRINKING WATER QUALITY ASSESSMENT
Marta Bartosik, Łukasz Mąka, Renata Matuszewska

PDF

 

Streszczenie: Colifagi są wirusami bakteryjnymi, które od wielu lat są przedmiotem badań mających na celu między innymi określenie ich przydatności i zastosowania jako wskaźników zanieczyszczenia kałowego oraz obecności wirusów chorobotwórczych w wodzie. Retrospektywne badania występowania epidemii chorób wodopochodnych wykazały, że opieranie się jedynie na założeniach związanych z brakiem lub obecnością bakterii Escherichia coli, może nie być wystarczające do oceny bezpieczeństwa wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi. Colifagi w porównaniu ze wskaźnikami bakteryjnymi, wykazują większą odporność na dezynfekcję i utrzymywanie się w znacznych odległościach od źródła zanieczyszczenia. Ich zastosowanie w celu wzmocnienia kontroli i bezpieczeństwa wody do picia zostało zarekomendowane przez ekspertów WHO i wprowadzone w dyrektywie (UE) 2020/2184. Colifagi somatyczne są nowym wskaźnikiem jakości mikrobiologicznej wody, w tym występowania wirusów jelitowych i mogą służyć do weryfikacji procesów uzdatniania wody i oceny ich skuteczności w usuwaniu chorobotwórczych wirusów.

1. Wprowadzenie. 2. Colifagi somatyczne. 3. Występowanie colifagów somatycznych w środowisku. 4. Wrażliwość na wybrane czynniki środowiskowe. 4.1. Temperatura. 4.2. Promieniowanie słoneczne. 4.3. Zasolenie. 4.4. Kwasowość (pH) środowiska. 5. Odporność colifagów somatycznych na procesy oczyszczania i dezynfekcji wody oraz ścieków. 6. Metody badań colifagów somatycznych w wodzie przeznaczonej do spożycia przez ludzi. 6.1. Hodowlane metody oznaczania colifagów somatycznych. 6.2. Szybkie testy do badań colifagów somatycznych. 7. Zastosowanie colifagów somatycznych w ocenie jakości wody przeznaczonej do spożycia przez ludzi

Abstract: Coliphages are bacterial viruses that have been tested for many years to dermine their usefulness as indicators of faecal contamination and presence of human viral pathogens in water. Retrospective analyzes of water-borne outbreaks have shown that E. coli tests are not enough to assure the safety of water intended for human consumption. Coliphages are more resistant to disinfection in comparison with bacterial indicators and are able to survive at considerable distance from source of contamination. Using of coliphages as indicators, to ensure better control and safety of drinking water had been recommended by WHO experts and introduced in Directive (EU) 2020/2184. Somatic coliphages are new indicators of water microbiological quality assessment, including indication of intestinal viruses. They can be used to verify processes of water treatment and to assess efficiency of removing intestinal viruses.

1. Introduction. 2. Somatic coliphages. 3. Occurrence of somatic coliphages in the environment. 4. Susceptibility to environmental factors. 4.1. Temperature. 4.2. Sunlight. 4.3. Salinity. 4.4. Acidity of the environment. 5. Resistance to the processes of disinfection and treatment of wastewater and water. 6. Testing methods in water intended for human consumption. 6.1. Culture methods for somatic coliphages. 6.2. Rapid tests for somatic coliphages. 7. Somatic coliphages in quality assessment of water intended for human consumption

ZMIANY W REDAKCJI



Przełom roku 2021/22 był również przełomowy  dla Redakcji. Doktor Jarosław Pankowski zakończył współpracę z Postępami Mikrobiologii. Od tego roku obowiązki sekretarza przejmie dr Karolina Jaworska.  Z początkiem 2022 roku witamy w gronie redakcyjnym nowych redaktorów działu Mikrobiologia Medyczna. Do Redakcji dołączył dr hab. Tomasz Jagielski z Uniwersytetu Warszawskiego. Redaktor Tomasz Jagielski reprezentuje nową dyscyplinę – fykologię medyczną medyczną, o której można więcej przeczytać w artykule wstępnym do 1. tegorocznego zeszytu. Zapraszamy do lektury!

 

NOWOŚCI W LEKACH PRZECIWBAKTERYJNYCH ZAREJESTROWANYCH PRZEZ EUROPEJSKĄ AGENCJĘ LEKÓW – ODPOWIEDŹ NA RAPORT WHO Z 2017 R. O GLOBALNYM PROBLEMIE WIELOLEKOOPORNOŚCI

The European Medicines Agency approved the new antibacterial drugs – response to the 2017 WHO report on the global problem of multi-drug resistance
J. Krajewska, A. E. Laudy

PDF

Streszczenie: Problem narastającej oporności drobnoustrojów został zakwalifikowany przez Światową Organizację Zdrowia (WHO) jako jedno z dziesięciu największych zagrożeń dla ludzkości. W specjalnym raporcie z 2017 roku WHO przedstawiła listę bakterii, dla których poszukiwanie nowych opcji terapeutycznych jest priorytetowe. Za najpilniejsze działanie uznano poszukiwanie nowych antybiotyków skutecznych wobec opornych na karbapenemy szczepów Acinetobacter baumannii i Pseudomonas aeruginosa oraz opornych na karbapenemy i cefalosporyny III generacji szczepów Enterobacterales (tzw. patogeny o krytycznym priorytecie). Wysoki priorytet przypisano
również poszukiwaniu leków aktywnych m.in. wobec szczepów Staphylococcus aureus opornych na metycylinę (MRSA) i wankomycynę (VRSA) oraz Enterococcus faecium opornych na wankomycynę (VRE). Od czasu publikacji raportu WHO, Europejska Agencja Leków (EMA) dopuściła do obrotu w sumie 6 nowych antybiotyków szerokospektralnych, z 6 różnych grup, skierowanych w różnym stopniu wobec szczepów priorytetowych wg WHO. Dwa spośród nich to nowe połączenia karbapenemów z nie-β-laktamowymi inhibitorami β-laktamaz (o aktywności także wobec karbapenemaz), należącymi do dwóch nowych grup inhibitorów: diazabicyklooktanowych (relebaktam, skojarzony z imipenemem) oraz boronowych (waborbaktam, skojarzony z meropenemem). Trzeci nowy lek to cefalosporyna sideroforowa (cefiderokol) o innowacyjnym mechanizmie wnikania do komórki bakteryjnej. Kolejne dwa antybiotyki to nowy fluorochinolon (delafloksacyna) i nowa tetracyklina (erawacyklina), zaprojektowane i zsyntezowane z myślą o zwiększonej skuteczności w stosunku do starszych przedstawicieli tych grup. Ostatni, innowacyjny antybiotyk to lefamulina – pierwsza pleuromutylina zarejestrowana do stosowania ogólnego u ludzi. Nowe rejestracje poszerzyły liczbę dostępnych opcji terapeutycznych w leczeniu m.in. powikłanych zakażeń
dróg moczowych (meropenem/waborbaktam, cefiderokol), powikłanych zakażeń wewnątrzbrzusznych (meropenem/waborbaktam, erawacyklina), szpitalnych zapaleń płuc (meropenem/waborbaktam, imipenem/relebaktam), ostrych bakteryjnych zakażeń skóry i tkanek podskórnych (delafloksacyna) oraz pozaszpitalnych zakażeń płuc (lefamulina).

1. Wstęp 2. Boronowe inhibitory β-laktamaz 3. Diazabicykloo ktanowe inhibitory β-laktamaz 4. Cefalosporyny sideroforowe 5. Nowe fluorochinolony 6. Nowe tetracykliny 7. Pleuromutyliny 8. Podsumowanie

Abstract: The growing problem of antimicrobial resistance has been classified by the World Health Organization (WHO) as one of the top ten threats to mankind. In a special report published in 2017, the WHO presented a list of microorganisms for which the search for new therapeutic options is a priority. The highest (critical) priority was given to the search for new antibiotics active against carbapenemresistant strains of Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa as well as against carbapenem- and third-generation-cephalosporin-resistant Enterobacterales strains (so-called critical priority pathogens). Whereas the second (high) priority was given among others to the search for new antibiotics active against methicillin- and vancomycin-resistant strains of Staphylococcus aureus (MRSA and VRSA) and vancomycin-resistant strains of Enterococcus faecium (VRE). Since the publication of the WHO report the European Medicines Agency has approved 6 novel, broad-spectrum antibiotics, from 6 different groups, addressing the priority pathogens to a different extent. Two of them are new combinations of carbapenems with non-β-lactam inhibitors of β-lactamases (active also against carbapenemases), belonging to two novel groups of inhibitors: diazabicyclooctanes (relebactam, combined with imipenem) and boronates (vaborbactam, combined with meropenem). The third new drug is a siderophore cephalosporin (cefiderocol) with an innovative mechanism of penetration into the bacterial cell. The next two antibiotics are the new fluoroquinolone (delafloxacin) and the new tetracycline (eravacycline), designed and synthesized to be more active than older members of these groups. The last innovative antibiotic is lefamulin – the first pleuromutilin approved for systemic use in humans. New approvals have expanded the number of available therapeutic options
in the treatment of complicated urinary tract infections (meropenem/vaborbactam, cefiderocol), complicated intra-abdominal infections (meropenem/vaborbactam, eravacycline), nosocomial pneumonia (meropenem/vaborbactam, imipenem/relebactam), acute bacterial skin and skin structure infections (delafloxacin) and community-acquired pneumonia (lefamulin).

1. Introduction 2. Boronate β-lactamases inhibitors 3. Diazabicyclooctane β-lactamases inhibitors 4. Siderophore cephalosporins 5. New fluoroquinolones 6. New tetracyclines 7. Pleuromutilins 8. Summary

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 2

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2022, Tom 61, Zeszyt 2

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2022, Tom 61, Zeszyt 2

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.