All posts by Postępy Mikrobiologii

TECHNOLOGIE „FOOD-OMICS” W PROFILOWANIU METAGENOMU ŻYWNOŚCI

“FOOD-OMICS” APPLICATIONS IN THE FOOD METAGENOM PROFILING
Edyta Juszczuk-Kubiak, Monika Greguła-Kania, Barbara Sokołowska

PDF

Streszczenie: Nowoczesne badania w dziedzinie nauk o żywności i żywieniu przechodzą od klasycznych metodologii do zaawansowanych strategii molekularnych, w których kluczową rolę odgrywa technologia sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Foodomika, która została niedawno zdefiniowana jest nowym, globalnym podejściem wykorzystującym zaawansowane technologie „omics” w analizach żywności. W ostatnich latach technologie „food-omics” są szeroko stosowane w mikrobiologii żywności w kierunku identyfikacji, kwantyfikacji i śledzenia mikrobiologicznych konsorcjów żywnościowych oraz oceny jakości i bezpieczeństwa żywności. Metagenomika, zwana
genomiką populacji drobnoustrojów jest opartą na sekwencji niezależną od hodowli analizą zbiorowych genomów mikroorganizmów obecnych w danym środowisku. Ta szybko rozwijająca się technika dostarczyła nowych informacji na temat różnorodności taksonomicznej i dynamiki społeczności mikroorganizmów na poziomie rodzaju, gatunku a nawet szczepu. Zintegrowane podejście metagenomiczne okazało się potężnym narzędziem w profilowaniu ekologii mikrobiologicznej złożonych ekosystemów takich jak żywność fermentowana. Obecne kierunki badań koncentrują się na zrozumieniu i możliwości kontroli procesu fermentacji w celu zapewnienia stałych właściwości sensorycznych produktów, zwiększenia bezpieczeństwa i ograniczenia psucia się żywności. Celem niniejszego przeglądu jest przedstawienie najnowszych osiągnięć w zakresie wykorzystania technologii „food-omics” w analizach bioróżnorodności i funkcjonalności metagenomu produktów żywnościowych, bezpieczeństwa żywności i kontroli jakości oraz bieżących wyzwań i potencjalnych zastosowań.

1. Wstęp. 2. Metodologie i technologie w dziedzinie „food-omics”. 3. Zastosowanie technologii „food-omics” w analizach żywności. 3.1. Metagenomika jako narzędzie do monitorowania procesu fermentacji. 3.2. Monitorowanie warunków przechowywania żywności. 3.3. Monitorowanie bezpieczeństwa żywności. 4. Podsumowanie


Abstract: Modern research in food science and nutrition is transferring from classical methodologies to advanced molecular strategies in which next-generation sequencing (NGS) technology plays a crucial role. In this context, Foodomics has been recently defined as a new and global field using advanced “omics” technologies in food analysis. In recent years, “food-omics” technologies are widely applicated in food microbiology to identify, quantify and to track food microbial consortia in the food chain, as well as in the food safety and quality assessment. Metagenomics, referred to as community genomics is a sequence-based analysis of the collective genomes of microorganisms present in a given environment. This rapidly developing technique has provided new knowledge about taxonomic diversity and the dynamics of microbial communities at the genus, species and even strain level. An comprehensive metagenomic approach has proven to be a powerful tool in profiling the microbial ecology of complex ecosystems such as fermented foods. Currently, research focuses on understanding and controlling the fermentation process to ensure the consistent sensory properties of food products, increase safety and reduce food spoilage. The goal of this review is to provide an overview of the latest achievements of the “food-omics” technologies applied to biodiversity and functionality of food microflora, food safety and quality control. Furthermore, we discuss current challenges and future applications of “food-omics” technologies in the food industry.

1. Introduction. 2. Methodologies and technologies in the field of food-omics. 3. Application of “food-omics” technology in food analysis. 3.1. Metagenomics as a tool for monitoring the fermentation process. 3.2. Monitoring food storage conditions. 3.3. Food safety monitoring. 4. Summary

PIASKOWNICE JAKO POTENCJALNE ŹRÓDŁO ZAGROŻENIA LEKOOPORNYMI SZCZEPAMI ESCHERICHIA COLI ORAZ STAPHYLOCOCCUS AUREUS

SANDBOXES AS A POTENTIAL SOURCE OF DENGEROUS DRUG-RESISTANT ESCHERICHIA COLI AND STAPHYLOCOCCUS AUREUS STRAINS
Edyta Mazur, Maria Jolanta Chmiel

PDF

Streszczenie: Piaskownice obecne są prawie na każdym placu zabaw. Cieszą się niesłabnąca popularnością wśród najmłodszych. Zastanawiamy się czasem kto odpowiada za ich stan sanitarny albo czy zabawa w nich może być zagrożeniem dla dzieci? W niniejszym artykule poruszony zostanie temat monitorowania stanu sanitarnego piaskownic. Przedstawione zostanie również zagrożenie mikrobiologiczne jakie niesie za sobą kontakt ze skażonym piaskiem. Bateriami, które stanowią zagrożenie dla zdrowia i mogą zasiedlać piaskownice są m.in. Escherichia coli oraz Staphylococcus aureus. Oba te mikroorganizmy nie powinny występować w środowisku naturalnym. Ich obecność świadczy o skażeniu piasku, a kontakt z nim może być niebezpieczny dla zdrowia człowieka. Co więcej bakterie te coraz częściej wykazują oporność na antybiotyki stosowane rutynowo w leczeniu zakażeń. Problem oporności mikroorganizmów na terapeutyki jest bardzo istotny, gdyż liczba lekoopornych szczepów rośnie alarmująco. Pula skutecznych antybiotyków maleje, a nowych nie przybywa. W niniejszej pracy zostaną przedstawione antybiotyki, wykorzystywane podczas leczenia, są to aminoglikozydy, ansamycyny, antybiotyki
β-laktamowe, chinolony, fusydany, grupa MLS, sulfonoamidy oraz tetracykliny. W pracy przedstawiono również informacje dotyczące poznanych dotychczas mechanizmów działania antybiotyków: W artykule przestawiono również mechanizmy oporności pałeczek
Enterobacteriaceae; mechanizm ESBL (extended-spectrum β-lactamases), produkcja MBL (metallo-β-lactamase), CRE (carbapenem-resistant Enterobacteriaceae) oraz mechanizmy oporności Staphylococcus aureus na penicylinę, MRSA – methicillin-resistant S. aureus i wankomycynę VRSA – vancomycin-resistant S. aureus. Lekooporności stała się problemem o znaczeniu globalnym. Obecność szczepów lekoopornych niesie za sobą ryzyko rozprzestrzeniania się opornych na działanie antybiotyków szczepów mikroorganizmów w środowiskach naturalnych m.in. wodzie, powietrzu, glebie a także w piasku. Zakażenia powodowane przez takie drobnoustroje są bardzo trudne w leczeniu, gdyż maleje pula antybiotyków możliwych do zastosowania w czasie kuracji, a tym samym zmniejsza się skuteczność terapii.

1. Wstęp. 2. Monitorowanie stanu sanitarnego piaskownic. 3. Bakterie E. coli S. aureus jako potencjalny czynnik zagrożenia dla zdrowia. 4. Charakterystyka antybiotyków. 4.1. Grupy antybiotyków. 4.2. Mechanizm działania antybiotyków. 5. Oporność bakterii na antybiotyki. 5.1. Oporność pałeczek Enterobacteriaceae. 5.2. Oporność S. aureus. 6. Oporność jako problem o znaczeniu globalnym. 7. Podsumowanie. 8. Bibliografia


Abstract: Sandboxes are present on almost every playground. They enjoy constant popularity among the youngest. Are we sometimes wonder who is responsible for their sanitary condition? Play in them can be a threat to children? This article will discuss the subject of monitoring the sanitary condition of sandboxes. The microbiological threat of contact with contaminated sand will also be presented. Escherichia coli and Staphylococcus aureus are bacteria that can inhabit sandboxes and pose a threat to health. Both of these microorganisms should not be found in the environment. Their presence means contamination of sand, and contact with it can be hazardous to human health. What’s more, these bacteria increasingly show resistance to antibiotics routinely used to treat infections. The problem of microorganism resistance to therapeutics is very important because the number of drug-resistant strains is growing alarmingly. The pool of effective antibiotics is contracting and new ones are not developing. In this work, antibiotics used during the treatment will be presented: aminoglycosides, ansamycins, β-lactam antibiotics, quinolones, fusidans, MLS group, sulfonamides, and tetracyclines. The paper also presents information concerning so far known mechanisms of antibiotic action. The article also presents the resistance mechanisms of Enterobacteriaceae; ESBL mechanism (extended-spectrum β-lactamases), production of MBL (metallo-β-lactamase), CRE (carbapenem-resistant Enterobacteriaceae) and resistance mechanisms of S. aureus, to penicillin, MRSA – methicillin-resistant S. aureus, and for vancomycin VRSA resistant S. aureus. Drug resistance has become a global problem. The presence of drug-resistant strains carries the risk of spreading antibiotic-resistant strains
of microorganisms in natural environments like water, air, soil and sand. Infections caused by such microorganisms are very difficult to treat, because the small pool of antibiotics that can be used during treatment, and thus reduces the effectiveness of therapy.


1. Introduction. 2. Monitoring of the sandboxes sanitary condition. 3. 3. Bacteria
E. coli and S. aureus as a potential health hazard factor. 4. Antibiotics characteristic. 4.1. Antibiotics grups. 4.2. Mechanism of antibiotics action. 5. Antibiotic resistance. 5.1. Resistance of Enterobacteriaceae. 5.2. Resistance of S. aureus 6. Resistance as a global problem. 7. Conclusions. 8. Bibilography

ORTHOHANTAVIRUS SPP. – PRZEGLĄD RODZAJU

ORTHOHANTAVIRUS SPP. – REVIEW OF GENUS
Kamil Leis, Patryk Kaczor, Aleksandra Baska, Jakub Kazik, Michalina Kolan, Katarzyna Grudlewska-Buda, Natalia Wiktorczyk, Krzysztof Skowron

PDF

Streszczenie: Orthohantawirusy i powodowane przez nie infekcje znane były już w średniowieczu jako tzw. „angielskie poty”. Istnieją dwa główne schorzenia wywoływane przez te wirusy – HPS (hantawirusowy zespół płucny) i HFRS (gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym). Główny rezerwuar tych drobnoustrojów stanowią gryzonie, a człowiek zaraża się nimi najczęściej drogą wziewną, w wyniku kontaktu z wydzielinami i odchodami nosicieli. HPS charakteryzuje się nagłym początkiem, a do objawów zaliczają się przede wszystkim kaszel, gorączka i trudności z oddychaniem, a w skrajnych przypadkach – niewydolność oddechowa i wstrząs kardiogenny. HFRS rozpoczyna się nagle, a główna manifestacja obejmuje gorączkę, niewydolność nerek, krwotoki, krwiomocz i białkomocz, a także wstrząs. Na ten moment, terapia antyhantawirusowa o udowodnionej skuteczności nie istnieje. Kluczową rolę w leczeniu stanowią oszczędny tryb życia, kontrola gospodarki elektrolitowej, płynoterapia oraz zapobieganie niedociśnieniu, a w wymagających tego przypadkach – podanie tlenu. Odchylenia od wartości prawidłowych w analizach laboratoryjnych osób zainfekowanych tym patogenem zależą od zajętego przez proces chorobowy organu.
1. Historia 2. Systematyka rodzaju Orthohantavirus spp. 3. Morfologia 3.1. Genom 3.2. Budowa wirionu 4. Mechanizm infekcji 4.1. Droga zarażenia 4.2. Cykl życiowy 5. Chorobotwórczość 6. Leczenie 7. Diagnostyka 8. Profilaktyka – szczepionki 9. Podsumowanie


ORTHOHANTAVIRUS SPP. – REVIEW OF GENUS
Abstract: The infections caused by orthohantaviruses were already known in the Middle Ages as “English sweats.” There are two main diseases caused by these viruses – HPS (hantavirus pulmonary syndrome) and HFRS (hemorrhagic fever with renal syndrome). Rodents are the main reservoir of these microorganisms, and humans usually catch them by inhalation, as a result of contact with secretions and droppings of carriers. HPS is characterized by a sudden onset, and symptoms include primarily cough, fever and difficulty breathing, and in extreme cases – respiratory failure and cardiogenic shock. HFRS begins suddenly and the main manifestation includes fever, renal failure, hemorrhage, hematuria and proteinuria, as well as shock. At present, anti-hantavirus therapy with proven effectiveness does not exist. A key role in the treatment is resting lifestyle, electrolyte control, fluid therapy and prevention of hypotension, and in harder cases – administration of oxygen. Deviations from normal values in laboratory analyzes of people infected with this pathogen depend on theorgan affected by the disease process
1. History 2. Systematics of Orthohantavirus spp. genus 3. Morphology 3.1. Genome 3.2. Structure of the virion 4. Mechanism of infection 4.1. Route of infection 4.2. Life cycle 5. Pathogenicity 6. Treatment 7. Diagnostics 8. Prevention – vaccines 9. Summary

THE IMPORTANCE OF BIOAEROSOL IN FORENSIC INVESTIGATIONS

ZNACZENIE BIOAEROZOLU W BADANIACH KRYMINALISTYCZNYCH
Karol Bulski

PDF

Abstract: The article discusses the importance of bioaerosol in terms of forensic microbiology and explains its usefulness in forensic investigations. Examples of investigative practice and crime investigations available in the literature are also presented, with special focus on the importance of biological aerosol analyses during evidence proceedings.
1. Introduction. 2. Biological aerosols. 3. Bioaerosols in forensic investigations. 4. Summary

Streszczenie: W artykule omówiono znaczenie bioaerozolu pod kątem mikrobiologii sądowej oraz wyjaśniono jego przydatność w badaniach kryminalistycznych. Przedstawiono również dostępne w literaturze przykłady z praktyki śledczej i przeprowadzonych dochodzeń, ze szczególnym zwróceniem uwagi na przydatność analiz aerozoli biologicznych w postępowaniu dowodowym.
1. Wstęp. 2. Aerozole biologiczne. 3. Bioaerozole w badaniach kryminalistyczny

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2021, Tom 60, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII 2021, Tom 60, Zeszyt 1

POSTĘPY MIKROBIOLOGII
2021, Tom 60, Zeszyt 1

O Towarzystwie

PTM

Celem Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologów jest propagowanie rozwoju nauk mikrobiologicznych

i popularyzowanie osiągnięć
mikrobiologii wśród członków Towarzystwa oraz szerokich kręgów społeczeństwa. Formami działalności jest organizowanie zjazdów, posiedzeń naukowych, kursów, wykładów
i odczytów oraz konkursów prac naukowych; wydawanie i popieranie wydawania czasopism naukowych, książek
i innych publikacji
z dziedziny mikrobiologii; opiniowanie o stanie i potrzebach mikrobiologii polskiej

i występowanie w jej sprawach wobec
władz państwowych; współpraca
z pokrewnymi stowarzyszeniami
w kraju i za granicą.